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もともとは小さすぎて出荷できない魚を漁民が自家用に保存食としたものという。名前の由来については、東京都中央区佃島とする説と、大阪市西淀川区の千船駅そばの「佃島」とする説がある。醤油・砂糖等で甘辛く煮染めた、今日で見られるような佃煮を作り始めたのは東京・浅草橋にある「鮒佐」だといわれている。東京の佃島とする説によると、濃い味付けのために保存性が高まり、参勤交代の武士らが江戸からの土産物として持ち帰ったため広まった。今では全国各地に土地の名物の佃煮はあり、江戸前に限るということはなくなった。大阪の佃島とする説によると、佃島からは江戸時代に多数の住民が移住しており、彼らが創始したものとされる。